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Un an après les terribles événements qui ont coûté la vie à tant de personnes, Ryan Hardy essaie encore de se reconstruire. Il tente de mener une existence saine et équilibrée à New York. Les traumatismes sont pourtant toujours vivaces, après toutes les tragédies qu'il a dû surmonter. Sa nièce, Max, débarque en ville pour lui changer les idées. Et du soutien, il va en avoir besoin. Un tragique fait divers fait la une des chaînes d'information et ébranle la population. Des disciples de Joe Carroll ont choisi la date anniversaire de la mort du serial killer pour se livrer à un massacre dans le métro. Mike Weston, un agent pourtant suspendu, est contacté par ses supérieurs pour intervenir en tant que consultant sur l'affaire...

Le FBI est rapidement débordé avec l'affaire Carroll : son fils a été enlevé par trois de ses adeptes chargés de surveiller son ex-femme, et un autre complice commence à tuer sur les campus en utilisant son statut de policier. Hardy recherche la fausse baby-sitter et retrouve l'un des repaires des fanatiques de Carroll.

Un nouveau membre du groupe de tueurs se montre au grand public : Rick Kester, un pyromane qui s'est donné pour mission de venger Joe. La femme du suspect et Jordy sont désormais des témoins qui pourraient aider à retrouver le fils de Joe Cornell.

Avec les morts qui s'accumulent et la vidéo, le FBI est sur les dents et recherche tout ce qu'ils peuvent sur Maggie Kester. C'est elle qui contacte Hardy quand elle prend en otage la sœur de l'ex-policier. Pendant ce temps, dans la ferme, les trois adeptes de Joe révèlent leurs secrets.

Joey parvient à passer un coup de téléphone à sa mère, permettant de relancer les recherches sur sa localisation. Hardy s'impatiente quand il voit revenir l'avocate de Joe Carroll, qui va devoir lancer un cycle d'actions en lieu et place de son client.

La ferme où est détenue Joey est cernée par la police, et Hardy et Parker font leur possible pour créer des tensions dans le groupe. Parker s'intéresse particulièrement à Emma, qui lui rappelle son propre passé. Claire découvre une partie de l'étendue du plan de son ex-mari.

Joe Carroll fait une requête surprenante : il accuse Hardy de maltraitance et demande son transfert pour une prison en Géorgie. Hardy soupçonne une tentative d'évasion avec l'aide du juge et de son avocate. Pendant ce temps, Emma se cache et attend les ordres pour savoir où aller avec Joey.

Le FBI est sur les dents avec la nouvelle évasion de Carroll qui a rejoint sa secte et Roderick. Ceux-ci préparent déjà leur nouveau coup : capturer et torturer Weston pour retrouver Claire.

Devant l'ampleur de la taille de la secte de Joe Carroll, les hautes instances du FBI décident de réorganiser l'équipe et d'éloigner un peu plus Hardy. Carroll entame une nouvelle étape et veut rattraper les échecs de ses fidèles en lançant une nouvelle offensive pour retrouver Claire.

Carroll ayant retrouvé la trace de Claire, il envoie un commando de trois hommes pour la récupérer. Hardy l'emmène donc dans le seul endroit sûr qu'il connaisse : la demeure d'un ancien agent du FBI désormais témoin sous protection. Mais la secte de Caroll les retrouve et Claire accepte de les suivre pour arrêter l'effusion de sang et retrouver son fils. Dans la demeure de la secte, Jacob a du mal à vivre avec la mort de Paul sur la conscience. Il est l'objet de cauchemars et d'hallucinations où Paul le harcèle.

Joe Carroll savoure sa victoire avec la réunion avec sa femme et prépare son nouveau mouvement implique Molly, une ancienne conquête de Ryan Hardy et tueuse en série, mais Roderick s'impatiente. Hardy a re-sombré dans l'alcool et la solitude mais doit reprendre du service quand un des contacts de Carroll est repéré.

Claire cherche un moyen de fuir avec son fils la maison de Carroll. Grâce aux preuves retrouvées dans le bunker, le FBI remonte la piste d'un milicien qui a fourni à Carroll des hommes et des armes. Les événements vont amener à une nouvelle confrontation entre le tueur et l'ex-agent.

À la faveur d'un détour de couloir de poste, Weston identifie Roderick. Il tente de l'arrêter mais celui-ci parvient à s'échapper. Prenant peur devant l'attitude insipide de Caroll, Roderick s'enfuit et capture Joey. Roderick est finalement arrêté. Il monnaie sa protection en échange de Joey qu'il a planqué dans une maison. Feintant que la police ne croit pas à son histoire, Ryan fait évader Roderick qui l'emmène dans cette maison. Weston, caché dans le coffre de la voiture intervient et Roderick est abattu. Jacob, dans le même temps, enlève Joey mais pris en étau par Ryan, il décide de l'abandonner et de s'enfuir. Claire feinte Joe de vouloir vivre à nouveau avec lui et le poignarde.

Ryan et son équipe s'apprêtent à prendre d'assaut le manoir. Sur place, les occupants se préparent à évacuer les lieux. Cependant, Carroll est au courant du stratagème de Ryan. Il envoie ses followers faire diversion afin qu'il puisse s'enfuir.

Ryan tente d'arrêter Carroll. Ce dernier, qui retient Claire prisonnière, quitte la bateau avec elle et l'emmène dans un phare...