Gunslinger Girl

Henrietta et son "handler", José, membres de la Section 2 de l'Agence de protection sociale, qui s'occupe des actions secrètes du gouvernement, doivent se rendre sur un site pour recueillir un témoin. Dans un flash-back, José se souvient de la façon dont il a trouvé Henrietta dans un hôpital après que sa famille ait été tuée.

Henrietta est soignée pour sa blessure, bien que le médecin prévienne que des opérations répétées affaibliraient son corps. José rappelle alors qu'il a dû lui apprendre les bonnes manières et que, pendant son entraînement, il a essayé de la traiter comme une jeune fille plutôt que comme une simple machine à tuer.

Rico, une autre jeune fille assassin, se souvient de sa découverte par son "handler" Jean et de la façon dont elle a pu se déplacer grâce à la cybernétique qu'elle a reçue. Dans le présent, elle est chargée d'une mission d'assassinat d'un politicien et, au cours d'une course préliminaire dans le bâtiment, elle rencontre un garçon nommé Emilio.

A l'approche de Noël, Henrietta demande à José de rester avec elle comme cadeau de Noël. Lors d'une mission, Triela abat un suspect contre l'avis de son supérieur, Hilshire.

Jean recrute Raballo, un carabinier à la retraite, pour être le maître-chien de Claes. Au début, Claes a du mal à s'adapter à l'entraînement sans relâche de Raballo et à ses relations professionnelles strictes. Un jour, Raballo quitte l'agence et donne à Claes ses vieilles lunettes et la clé de sa chambre pour qu'elle puisse lire tous les livres qu'elle veut.

Après avoir désamorcé de justesse une bombe dans le métro, la police se met à la recherche d'Enrico Beldini, un poseur de bombes notoire. Henrietta et José surprennent une conversation au cours de laquelle Beldini négocie avec la Faction de la République de Padanie l'utilisation d'une bombe.

Rico et Jean rencontrent un homme nommé Filippo Adani, et après avoir conversé avec lui, ils visitent la ville de Florence, appréciant les œuvres d'art et l'architecture. Dans le musée, Filippo réfléchit à la façon dont il a abandonné sa carrière d'artiste pour devenir comptable. Pendant ce temps, Jean appréhende un assassin du PRF envoyé pour tuer Filippo, qui se révèle être un comptable de Pirazzi, un de leur membre.

Henrietta subit un test émotionnel avec le Dr Bianchi, et Angelica , qui a des pertes de mémoire, suit. Marco, son assistant, est sermonné par Bianchi pour son manque d'attention, et Marco révèle sa frustration d'enseigner des choses à quelqu'un qui ne fait que les oublier.

Elsa, une autre assassin mécanisée, accomplit une mission visant à éliminer un groupe d'officiers de police corrompus sur les ordres de son "handler", Lauro. Lauro recrute José pour sa prochaine mission, et les deux hommes se font la remarque qu'ils ont des points de vue différents sur la façon de traiter les filles, l'indifférence de Lauro contrastant avec l'empathie de José.

José et Henrietta sont en congé pour une croisière en Sicile, et il annonce qu'Elsa et Lauro ont été retrouvés morts dans un parc. Le chef de la section 1, Draghi, décide d'enquêter et envoie Pietro Fermi et Elenora Gabrielli. Pietro et Elenora perquisitionnent les installations de la Section 2 et s'entretiennent avec Triela.

Pietro et Elenora partent en Sicile pour rencontrer José et Henrietta, qui séjournent dans l'une des maisons d'été de la famille de José. Pietro interroge José sur des détails concernant Elsa tandis qu'Elenora aide Henrietta à cuisiner.

Angelica est blessée lors d'une séance d'entraînement, ce qui amène le directeur de l'Agence de protection sociale à remettre en question la valeur de la Section 2. Claes se fait passer pour la fille d'un membre du parlement afin de créer une fausse prise d'otage pour éliminer les terroristes de la Faction des Cinq Républiques.

Les filles prévoient d'assister à une pluie de météorites, mais Henrietta est bouleversée lorsque José révèle qu'il est trop occupé et qu'il ne peut pas venir. Triela tente alors de trouver un nouveau "handler", et Hilshire accepte après que Triela l'ait aidé dans son travail.