THE GHOST IN THE SHELL

Lors d'un raid sur une réunion avec un délégué international où il soupçonne des faits de corruption et des activités criminelles, Daisuke Aramaki de la Sécurité publique rencontre une mystérieuse femme cyborg. Celle-ci se présente comme Motoko Kusanagi et propose au ministre de l'Intérieur la création d'une section spéciale. Aramaki confie à Kusanagi une première enquête test.

Recrutées par Aramaki, Kusanagi et son équipe deviennent l'« Unité spéciale ». Le cybercerveau de l'interprète du ministre des Affaires étrangères est infecté par un virus. Selon Aramaki, le colonel Mares, en exil dans le pays, tente de faire capoter une réunion secrète. Il ordonne à Kusanagi de remonter la trace du piratage pour trouver le coupable.

Kusanagi et Togusa appréhendent leur suspect après une course poursuite acharnée en Fuchikomas. Aramaki et Batou surveillent Mares alors qu'il reçoit la visite d'un hacker, le présumé Marionnettiste, qui est derrière l'infection commanditée par Mares.

Une gamme de robots promotionnels attaquent des humains. L'équipe de Kusanagi rassemble les robots et découvre un trait commun chez eux. Batou et Togusa vont à Hanka Précision où les robots sont fabriqués pour déterminer la cause des attaques.

Kusanagi et son équipe se rendent dans le Grand Nord pour surveiller un cyborg de combat nommé Koil Krasnov. Afin de découvrir les intentions de Koil et de mettre au jour la corruption liée à l'agrandissement de l'usine souterraine de Sagawa Electronics, Kusanagi infiltre les bureaux de l'entreprise, tandis que Batou et le reste de l'équipe se dirigent vers l'usine souterraine.

Kusanagi et son copain se retrouvent à l'hôpital après une attaque-surprise. Ils soupçonnent Toru Soma, un terroriste avec qui Kusanagi a un passé. Kusanagi et Togusa sont pris dans une bataille féroce contre un groupe armé après avoir mené un véhicule qui les filait à une usine désaffectée.

Un robot fuit Megatch Body et se réfugie à la Section 9. Il s'avère que c'est le Marionnettiste. Il annonce à l'équipe d'Aramaki qu'il est « une forme de vie née de la mer d'informations » et demande l'asile politique. Il est alors dérobé par un tiers non identifié.

Kusanagi reprend conscience après une plongée cérébrale dans le Marionnettiste. Après la destruction de ce dernier, elle continue de détecter sa présence de temps à autre. L'Unité spéciale intervient sur un bateau de terroristes et Kusanagi abat son chef par erreur.

Les images de l'incident sont transmises à la presse et Kusanagi est accusée de meurtre. Elle soupçonne les Services de renseignement du Ghorantl de tirer les ficelles et mène l'enquête seule, mais son procès pour meurtre commence.

Kusanagi perd son corps artificiel dans une fusillade et Batou s'enfuit avec son cerveau dans un abri afin de lui trouver un nouveau corps. Alors qu'elle est en mode de verrouillage, elle est contactée par le Marionnettiste, qui était présumé détruit.